Chociaż były one wielokrotnie mniej liczne niż dokonująca inwazji armia niemiecka, okazało się, że są niezwykle groźne: dokonywały masowych aresztowań i egzekucji ludności cywilnej.
Grupy operacyjne
W sierpniu 1939 roku zorganizowano pięć grup operacyjnych, które zostały skoncentrowane w pobliżu granicy polskiej. Już po rozpoczęciu inwazji na Polskę okazało się, że pięć grup operacyjnych to za mało: 3 września na rozkaz Himmlera utworzono dodatkową grupę operacyjną do zadań specjalnych, którą wysłano na Górny Śląsk; 9 września powołano grupę operacyjną, która działała w Wielkopolsce, a 12 września w Gdańsku powstało komando operacyjne, którego obszarem działania było Pomorze.
Na ziemiach wcielonych do Rzeszy do „elementu niebezpiecznego” zaliczano również Polaków pochodzących z ziem byłego zaboru rosyjskiego. Pretekstu do egzekucji mogło dostarczyć posiadanie broni (niekoniecznie palnej), nieprzestrzeganie zarządzeń okupanta lub podejrzane zachowanie.
Zadaniem grup operacyjnych miało być „zwalczanie elementów wrogich Rzeszy i Niemcom na terytorium wroga na tyłach walczących jednostek”. Tak ogólne i enigmatyczne polecenie pozostawiało ich dowódcom znaczną swobodę interpretacji. Nadzorujący działalność grup operacyjnych Reinhard Heydrich (szef Policji Bezpieczeństwa i Służby Bezpieczeństwa) nakazał 7 września, aby polskie ziemie zachodnie oczyścić z „warstwy przywódczej” i Żydów. Przedsięwzięcie to nazywano „oczyszczeniem przedpola”, a w kolejnych dyrektywach doprecyzowano, że chodzi o usunięcie „Żydów, inteligencji, duchowieństwa i ziemiaństwa”. W pierwszym rzędzie działaniami tymi objęto tereny, które zostały wcielone do Rzeszy na podstawie decyzji Hitlera z początku października 1939 r. Ziemie te – w odróżnieniu od Generalnego Gubernatorstwa – miały zostać możliwie szybko zgermanizowane.
Grupy operacyjne zostały wyposażone w listy obywateli II Rzeczypospolitej uznawanych przez władze niemieckie za niebezpiecznych, które zostały przygotowane w oparciu o raporty napływające z niemieckich konsulatów w Polsce oraz przebywających tam informatorów służb niemieckich. Po rozpoczęciu wojny listy te były uzupełniane w oparciu o dokumenty polskich władz administracyjnych i policyjnych, archiwa organizacji politycznych, społecznych i kombatanckich, które przejęli Niemcy. Stały się podstawą aresztowań osób, którym przypisywano antyniemieckie nastawienie lub, które uznawano za potencjalnych organizatorów konspiracji. Zaliczano do nich działaczy politycznych i społecznych, ludzi kultury, duchownych, osoby pracujące we władzach bezpieczeństwa (policji, straży granicznej, wywiadzie), inteligencję (nauczycieli, przedstawicieli wolnych zawodów), członków organizacji kombatanckich i uczestników powstań śląskich i wielkopolskiego. Na ziemiach wcielonych do Rzeszy do „elementu niebezpiecznego” zaliczano również Polaków pochodzących z ziem byłego zaboru rosyjskiego. Pretekstu do egzekucji mogło dostarczyć posiadanie broni (niekoniecznie palnej), nieprzestrzeganie zarządzeń okupanta lub podejrzane zachowanie.
Żadne listy proskrypcyjne nie były okupantowi potrzebne w wypadku Żydów, z którymi od początku postępowano brutalnie. Podstawą prześladowań było pochodzenie; ewentualne zaangażowanie polityczne lub „antyniemiecka” działalność nie miały decydującego znaczenia. Od gmin żydowskich wymuszano zapłacenie wysokich kontrybucji, ich członków zmuszano do pracy na rzecz okupanta, poniżano i bito. Rabowano mienie żydowskie oraz niszczono miejsca kultu religijnego: jesienią 1939 roku zostało spalonych lub zdemolowanych wiele synagog i bożnic. Ze szczególnym upodobaniem niszczono zwoje Tory i biblioteki żydowskie. Na ziemiach zachodnich II Rzeczypospolitej jeszcze w trakcie działań wojennych rozpoczęto „dzikie” wypędzenia Żydów, których w bezładny sposób wyganiano z domów i kierowano na wschód: na ziemie Generalnego Gubernatorstwa lub na ziemie okupowane przez Związek Sowiecki. Rozpoczęły się masowe egzekucje Żydów, dokonywane pod byle pretekstem, np. nieprzestrzegania zarządzeń okupanta.
Z grupami operacyjnymi współpracowali miejscowi Niemcy, najczęściej zorganizowani w Selbstschutz (Samoobrona), organizację dowodzoną przez przysłanych z Rzeszy oficerów SS. Na Pomorzu, zgodnie ze sprawozdaniem dowódcy Selbstschutzu na tym obszarze, do początku października 1939 roku przystąpiło do organizacji 17 667 mężczyzn. W dokumencie tym przyznano, że „okazało się konieczne zastosować najostrzejsze środki wobec 4 247 byłych obywateli polskich”. Ten eufemizm oznacza zamordowanie wymienionej liczby obywateli II Rzeczypospolitej, Polaków i Żydów. Nie brakowało aktów samowoli i wykorzystywania sytuacji do wyrównywania „prywatnych rachunków”. Antypolskie nastawienie miejscowych folksdojczów nie było jednak normą. Znane są przypadki, gdy Niemiec uratował życie Polakowi wiezionemu na egzekucję. W obronie rozstrzeliwanych przez grupy operacyjne stawali czasem oficerowie Wehrmachtu – chociaż nie zawsze odnosząc oczekiwany skutek.
Niszczenie potencjału oporu
Wielu obywateli II Rzeczypospolitej zamordowanych zostało w akcjach odwetowych, w wypadku których okupant kierował się zasadą odpowiedzialności zbiorowej. W ten sposób postąpili Niemcy w Wawrze w grudniu 1939 r., gdzie w akcji odwetowej za zabicie dwóch niemieckich podoficerów z batalionu budowlanego przez miejscowych kryminalistów, aresztowano i rozstrzelano 107 przypadkowo schwytanych Polaków i Żydów.
Już we wrześniu 1939 roku okupant postawił sobie za zadanie nie tylko zniszczenie polskiej armii, ale i wszelkiego oporu, który mogliby stawiać w przyszłości obywatele II Rzeczypospolitej. Stąd od pierwszych dni wojny represje i terror objęły ludność cywilną na wielką skalę. Wkraczaniu sił niemieckich towarzyszyły prewencyjne aresztowania zakładników wśród szanowanych mieszkańców lub przypadkowo wybranych osób, w celu zabezpieczenia się przed ewentualnym oporem. W ten sposób okupant chciał również zapobiec demonstracjom lub wybuchowi powstania, np. w rocznicę odzyskania niepodległości – 11 listopada. Zgodnie z poleceniami płynącymi z Berlina represje i terror miały objąć przede wszystkim inteligencję. Miał to być odwet za rzekome zamordowanie w Polsce 58 000 Niemców. O takiej liczbie Niemców zabitych w Polsce informowała niemiecka propaganda.
Aby zniszczyć wolę oporu, represje – na zasadzie odpowiedzialności zbiorowej i w ramach działań prewencyjnych – skierowano przeciwko inteligencji. W Krakowie 6 listopada 1939 r. dokonano podstępnego aresztowania profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego i Akademii Górniczej. Aresztowani profesorowie zostali przewiezieni do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen. Dzięki międzynarodowemu rozgłosowi, jaki zyskało to barbarzyńskie postępowanie, III Rzesza się ugięła i większość profesorów odzyskała wolność. Jednak wielu z nich straciło zdrowie lub zmarło wskutek warunków, w jakich byli przetrzymywani, i chorób.
W wypadku większości spośród dziesiątek tysięcy aresztowanych jesienią 1939 roku nie interweniował jednak nikt poza najbliższą rodziną. Zwykle bezskutecznie – nie uzyskując nawet żadnej informacji o losie bliskich (lub otrzymując informację wymijającą). Mordowano bez wyroku lub na podstawie wyroku sądu doraźnego gestapo, który wydawał z góry ustalony wyrok i z wymiarem sprawiedliwości nie miał nic wspólnego. Do dziś nie wiadomo, ile osób zostało wówczas uśmierconych. Egzekucje odbywały się w zorganizowanych prowizorycznie obozach, lasach, żwirowniach. Wiele z tych ofiar do dziś pozostaje anonimowych – zgodnie z zamierzeniem okupanta. Nie zachowały się dokumenty dotyczące egzekucji, ofiary grzebano w masowych, bezimiennych grobach, celowo zacierając ślady. Według szacunków historyków, poza bezpośrednimi działaniami wojennymi zamordowanych zostało około 40 000 do 50 000 Polaków i Żydów – obywateli polskich.
W listopadzie 1939 roku grupy operacyjne zostały rozwiązane. Ich personel utworzył placówki gestapo na okupowanych ziemiach polskich, które kontynuowały politykę terroru i represji.