Izolowanie charyzmatycznego kardynała zarysowało perspektywę zwrotu w działalności i postawie – zarówno części pozostających na wolności hierarchów, jak i niższego duchowieństwa – na podporządkowanie się dyrektywom państwa. By osiągnąć ten cel, władze partyjno-państwowe podjęły wiele dalszych działań osłabiających spójność i siłę Kościoła; przystąpiono do nich niemal natychmiast po aresztowaniu Wyszyńskiego.
Kapitulacja episkopatu
Zdezorientowane i zastraszone duchowieństwo zostało zmuszone do pójścia na daleko idące kompromisy w stosunkach z władzami. Wyrazem tego były m.in.:
– wybór na stanowisko przewodniczącego Konferencji Episkopatu Polski narzuconego przez władze biskupa Michała Klepacza,
– wydanie ugodowej deklaracji z 28 września 1953 r.,
– ogłoszenie 4 października tr. specjalnego komunikatu, który miał uspokoić nastroje po aresztowaniu Prymasa (w ocenie władz jego treść była dla nich korzystniejsza, niż się spodziewano).
Ekipa Bieruta, przekonana o uległości biskupów, 17 grudnia 1953 r. wymusiła na nich złożenie przysięgi na wierność PRL. Bardziej lojalistycznego w tonie dokumentu ani wcześniej, ani później Kościół polski nie podpisał.
Egzekwowanie dekretu z 9 lutego
Internowanie Prymasa i kapitulacja biskupów pozwalały wprowadzić w życie wszystkie postanowienia wydanego jednostronnie przez władze dekretu z 9 lutego 1953 r. o obsadzaniu duchownych stanowisk kościelnych. Dokument ten miał pierwszorzędne znaczenie dla realizacji antykościelnej polityki wyznaniowej reżimu; dawał mu formalne prawo swobodnego decydowania o polityce personalnej Kościoła w Polsce właściwie na wszystkich jego szczeblach. Obsadzanie kluczowych stanowisk przez podporządkowanych władzom duchownych, wywodzących się najczęściej z tzw. ruchu społecznie-postępowego, pozwalało na stworzenie – wzorem Czechosłowacji – ubezwłasnowolnionego „Kościoła państwowego”.
Inna sprawa, że po aresztowaniu Prymasa mało kto liczył na jego szybkie uwolnienie. Episkopat, aby obronić „rzeczy Boże”, musiał ułożyć relacje z ludźmi władzy; ceną, jaką za to zapłacił było podporządkowanie się niektórym spośród wymagań państwa. Działania podjęte przez biskupów, choć stwarzały wrażenie kapitulacji, pozwalały jednak na utrzymanie kontaktu z aparatem partyjno-państwowym, co było niezbędne do obrony praw Kościoła i zachowania jego ostatnich swobód. Mimo to znaczna część niższego duchowieństwa (zwłaszcza zakonnego) i osób świeckich przyjmowała decyzje hierarchów nieprzychylnie; widziano w nich akty odżegnania się zarówno od dotychczasowej działalności Kościoła, jak i od internowanego Prymasa.
Chrześcijaństwo spod znaku zakrystii
Ślubowanie biskupów, a później niemal całego niższego duchowieństwa, zamykało etap najistotniejszych – wymuszonych na Kościele formalnych deklaracji lojalności wobec państwa. W tym czasie – głównie poprzez działania operacyjne resortu bezpieczeństwa – reżim komunistyczny przystąpił do dalszego pacyfikowania opozycyjnej wobec niego działalności pozostających na wolności duchownych i ograniczania aktywności Kościoła do względnie tolerowanych ram tzw. chrześcijaństwa spod znaku zakrystii. Okresowo polityka ta odniosła oczekiwany skutek. Zrodziło się wrażenie, że część Kościoła znajdowała się na łasce i niełasce reżimu. Było ono potęgowane tym, że opozycja ze strony Kościoła hierarchicznego wobec władz miała, zwłaszcza w latach 1953–1954, mimo wszystko dość ograniczony charakter.
Porażka systemu
Od końca 1954 r. – początkowo głównie dzięki aktywizacji zakonów i niższego duchowieństwa diecezjalnego – osłabiony Kościół zaczął stopniowo odbudowywać swoją pozycję. Zachodziło to równolegle z dekompozycją aparatu władzy, związaną z procesem względnej liberalizacji życia społeczno-politycznego (tzw. odwilży). Wiele wskazuje na to, że dodatkowym impulsem do tego swoistego odrodzenia życia Kościoła był zachodzący w latach 1954–1956 kryzys pionu wyznaniowego resortu bezpieczeństwa, czyli Departamentu VI Komitetu do spraw Bezpieczeństwa Publicznego.
Paradoks polegał na tym, że mimo niezwykłej koniunktury po aresztowaniu Prymasa, reżim mimo wszystko nie był w stanie skutecznie realizować polityki wyznaniowej. Laicyzacja w Polsce, napotykając opór wiernych, ostatecznie się nie powiodła. Wprowadzanie w życie lutowego dekretu szło opornie. Kościoła nie udało się ubezwłasnowolnić w stopniu zaspokajającym ambicje władz. Niemałą w tym rolę odegrał prymas Wyszyński, który – choć internowany – nie stracił ducha oporu wobec systemu, co było wzorem dla pozostających na wolności hierarchów i niższego duchowieństwa. Ratunek Kościołowi przyniosła ostatecznie głęboka erozja stalinowskiego modelu komunizmu, której kulminacja nastąpiła w Polsce w okresie Października 1956 r. Uwolnionemu na fali tych przemian Wyszyńskiemu udało się ostatecznie Kościół scementować i wzmocnić jego nadwątlone struktury, a władze PRL już nigdy później nie były w stanie objąć go kontrolą i podporządkować sobie w takim stopniu, jak w okresie internowania Prymasa.