Mimo iż w latach 1944-1947 instytucje Kościoła katolickiego nie były przez władze komunistyczne atakowane w sposób bezpośredni i otwarty, to jednak działania aparatu administracyjnego państwa oraz stanowione wówczas prawo zapowiadały nieuchronną zmianę sytuacji.
Po wyeliminowaniu z życia politycznego wszelkich przejawów zorganizowanej opozycji antykomunistycznej, Kościół stał się dla władzy najważniejszym wrogiem.
Ale już w tym czasie duchowieństwo katolickie ponosiło ofiary. Aresztowania, niekiedy zabójstwa księży wspierających podziemie niepodległościowe lub oficjalnie wyrażających swe antykomunistyczne poglądy (co faktycznie oznaczało wspieranie antykomunistycznej opozycji politycznej), miały miejsce także w woj. kieleckim ( m.in.: ks. Stanisław Domański ps. „Cezary”, ks. Stanisław Głąbiński, ks. Czesław Lewandowski, ks. Mieczysław Pociej).
Otwarte wystąpienie władzy komunistycznej przeciw Kościołowi było konsekwencją zmian politycznych, które zaszły w 1947 r.
Rozpoczęła się gwałtowna antykościelna kampania i programowa ateizacja. Sowietyzacja społeczeństwa szła w parze z propagandą ateizmu.
Sfałszowanie wyborów do Sejmu w styczniu 1947 r., wyeliminowanie z życia politycznego Polskiego Stronnictwa Ludowego, zniszczenie podziemia niepodległościowego oraz widoczne symptomy zmęczenia społeczeństwa polskiego i przyjmowania przez niego postaw przystosowawczych, sprzyjały podjęciu „ofensywy” przeciwko Kościołowi. Po wyeliminowaniu z życia politycznego wszelkich znaczących przejawów zorganizowanej opozycji antykomunistycznej, Kościół stał się dla władzy komunistycznej najważniejszym wrogiem. W połowie 1947 r. w jednym z raportów podziemia niepodległościowego napisano:
Kościół katolicki staje się bezapelacyjnie jedynym dziś źródłem wiary i pocieszenia dla społeczeństwa polskiego. Świątynie są zapełnione po brzegi. Każda niedziela jest jedną wielką manifestacją uczuć religijnych Polaków. Wygłaszane kazania coraz śmielej rozprawiają się z atakami czynników czerwonych na Kościół.
Funkcjonariusze aparatu represji wielokrotnie donosili o postawach niepodległościowych manifestacyjnie okazywanych przez wiernych w kościołach:
Melduję, że w dniu 5 kwietnia 1947 r. około godz. 20.00 po uroczystej procesji rezurekcyjnej w kościele garnizonowym [w Radomiu] na zakończenie rezurekcji w czasie śpiewania pieśni „Boże coś Polskę” dziewczęta z Gimnazjum Marii Gail niosące chorągwie i statuty religijne zachowały się prowokacyjnie, śpiewając nie „Ojczyznę wolną pobłogosław Panie” lecz „Ojczyznę wolną racz nam wrócić Panie”. (…) Komenda Miasta MO zwróciła się do Dyrekcji Gimnazjum w celu zwrócenia uwagi na takie wybryki i ewentualnie ukarania winnych (…) prowokatorek, aby wypadki tego rodzaju na przyszłość nie powtórzyły się. Urząd Bezpieczeństwa również został o wypadku powiadomiony.
Ograniczyć należy działalność kleru…
28 grudnia 1948 r., podczas odprawy w MBP, delegowani z poszczególnych województw funkcjonariusze UB usłyszeli zalecenia mjr Julii Brystygier Dyrektor Departamentu V:
Na tym etapie walka z antypaństwową działalnością kleru łączy się z walką klasową na wsi. Kler pomaga kułakom, sieje propagandę przeciw spółdzielczości itd. Ograniczać należy działalność kleru w instytucjach państwowych i społecznych. W szkołach należy dążyć do częściowego zastępowania księży przez świeckich katechetów, do zmniejszenia godzin religii, do ograniczenia ilości sióstr klasztornych.
Od przełomu lat 1948-1949 presja na Kościół stała się coraz bardziej oficjalna.
Rozpoczęła się gwałtowna antykościelna kampania i programowa ateizacja. Sowietyzacja społeczeństwa szła w parze z propagandą ateizmu. Państwo i w tej sprawie sięgało po środki przymusu – likwidowano „reakcyjne” szkoły i placówki wychowawcze. Wprowadzony latem 1949 r. dekret „O ochronie wolności sumienia i wyznania” stał się narzędziem ateizacji społeczeństwa. Religia była usuwana ze szkół, duchowni rugowani ze szpitali i innych miejsc publicznych, prasa katolicka coraz bardziej ograniczana i silniej cenzurowana. Zamykane były szkoły wyznaniowe a katolickie organizacje młodzieżowe likwidowane. UB w Kielcach donosił:
3 IV [1949 r.] w tłumnie zapełnionej katedrze kieleckiej odbyła się uroczystość z okazji jubileuszu papieża. (…) Biskup Kaczmarek wygłosił przemówienie okolicznościowe i modlitwę na intencję papieża, w której m.in. powiedział: „Prosimy Cię Panie, racz dać ojczyznę wygnańcom i więźniom”. Na zakończenie uroczystości zebrani odśpiewali manifestacyjnie pieśń „My chcemy Boga”. W czasie śpiewu biskup Kaczmarek wstał i zaczął płakać, co wywarło duże wrażenie na obecnych i spowodowało ich do mocniejszego akcentowania słów, „my chcemy Boga w wojsku, w szkole …”.
W celu niedopuszczenia w przyszłym roku szkolnym…
10 sierpnia 1949 r. na polecenie Julii Brystiger Dyrektor Departamentu V MBP rozesłano do Wojewódzkich Urzędów Bezpieczeństwa Publicznego instrukcję o wzmożeniu inwigilacji duchowieństwa:
Rozpracowanie katechetów i usuwanie ich ze szkolnictwa za polityczne, wrogie wystąpienia dotychczas odbywało się w sposób dorywczy. Materiały zbierane były w sposób niesystematyczny, co uniemożliwiało odpowiednie przeciwdziałanie ze strony naszych organów. W celu niedopuszczenia w przyszłym roku szkolnym do tego, aby w szkołach nauczali księża i świeccy katecheci wrogo występujący przeciwko Polsce Ludowej oraz w celu usystematyzowania zbierania danych o katechetach i nauczaniu religii w szkołach należy: 1. Zaprowadzić ścisłą ewidencję osób nauczających religii i księży katechetów. 2. Ewidencję prowadzić wg. działów: a) aktywnie wrogich; b) lojalnych i pozytywnie ustosunkowanych; c) biernych, względnie o niewyjaśnionym obliczu. 3. Wśród katechetów zarówno duchownych jak i świeckich zbudować sieć informacyjną. 4. Okres wakacji wykorzystać dla przygotowania agentury młodzieżowej, w celu pełnej agencyjnej kontroli lekcji religii (…). Z nowym rokiem szkolnym każde wrogie wystąpienie katechety na lekcji religii winno być znane naszym organom i odpowiednio wykorzystane. W klasach młodszych, gdzie werbunek agentury jest niemożliwy, nastawiać się na wykorzystanie rodziców – szczególnie rodziców rozwiniętych uczniów – aby mieć możliwie obiektywny materiał. (…). 7. Pozytywnie ustosunkowanych katechetów otaczać opieką i udzielać niezbędnej pomocy. (…).
Przed przełomem 1956 r.
Przełom polityczny 1956 r., pokazał, że usunięcie religii oraz związanie społeczeństwa z ideologią marksistowsko-leninowską nie są możliwe.
Aresztowanie w styczniu 1951 r. (m.in. pod zarzutem szpiegostwa) ordynariusza kieleckiego biskupa Czesława Kaczmarka i jego proces, wydalenie z diecezji biskupów katowickich, pokazowa rozprawa zwana procesem kurii krakowskiej, wydanie w lutym 1953 r. przez Radę Państwa dekretu o obsadzaniu stanowisk kościelnych (dawał władzom prawo decydowania o obsadzaniu i usuwaniu ze wszystkich stanowisk kościelnych) oraz uwięzienie prymasa Stefana Wyszyńskiego we wrześniu 1953 r. – to wydarzenia, które najlepiej ukazują komunistyczny plan generalnej rozprawy z Kościołem katolickim w Polsce.
Ubecki terror przybierał coraz większy zasięg. Szef Powiatowego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Ostrowcu Świętokrzyskim meldował do WUBP w Kielcach:
Melduję, że w dniu 9 października 1952 r. został aresztowany Tomasz Wrzeszcz (…) przewodniczący Rady Kościelnej w Bodzechowie. Aresztowany został za rozpowszechnianie fałszywych wiadomości z audycji zagranicznych państw kapitalistycznych, które godziły [w] ZSRR i Polskę Ludową. Wypowiadał się on, że już niedługo będzie zmiana w Polsce i nastąpi wojna, i że polskich oficerów w Katyniu wymordowali Rosjanie. (…). W toku dalszego śledztwa będziemy starali się uzyskać dane: 1. Skąd czerpał wiadomości, które rozpowszechniał. 2. Jeżeli czerpał je z audycji zagranicznych państw kapitalistycznych, to u kogo, czy sam chodził, czy go kto zapraszał, kto jeszcze tam uczęszczał, jakie prowadzili rozmowy. 3. Ponieważ utrzymywał kontakty z ks. Józefem Nitą (…) dążyć do ustalenia wypowiedzi po wysłuchaniu audycji zagranicznych. 4. Ustalić głównego inspiratora w rozsiewaniu fałszywych wiadomości.
Po uwięzieniu prymasa we wrześniu 1953 r., a następnie wymuszonej na Episkopacie deklaracji lojalności wobec władzy, opór wobec reżimu komunistycznego utrzymywał się w kuriach i wielu parafiach. Księża czuli się zastraszeni działaniami aparatu bezpieczeństwa i administracji, ale demonstrowana oficjalnie przez nich ugodowość wcale nie musiała oznaczać faktycznego podporządkowania się władzy komunistycznej. Był to okres najbardziej intensywnych prześladowań Kościoła. Kres położyło im dopiero uwolnienie prymasa w październiku 1956 r. Przełom polityczny, który miał miejsce w 1956 r., pokazał, że usunięcie religii oraz związanie społeczeństwa polskiego z ideologią marksistowsko-leninowską nie są możliwe. Komunistom nie udało się także zniszczyć wewnętrznej autonomii Kościoła katolickiego. Aresztowania i procesy sądowe przestały być powszechnym narzędziem represji, a powrót w następnych latach do stalinowskich metod okazał się niemożliwy.