Kraj Warty zajmował specyficzne miejsce w nazistowskiej polityce narodowościowej. Będąc największym z regionów przyłączonych do III Rzeszy traktowany był jako miejsce przeprowadzania eksperymentów. Za politykę narodowościowo-wyznaniową na „ziemiach wcielonych” odpowiadał namiestnik Kraju Warty Arthur Greiser, który od samego początku swoich rządów dążył do utworzenia na tym terenie Mustergau – okręgu wzorcowego. Służyć temu miało uregulowanie pod tym kątem wszelkich aspektów życia społecznego, gospodarczego, a przede wszystkim wyznaniowego. Ta konsekwentna polityka okupanta już od samego początku charakteryzowała się germanizacją Łodzi, doprowadzając do ogromnych zmian w narodowościowej i wyznaniowej strukturze miasta.
W obliczu wojny
Wyższe Seminarium Duchowne w Łodzi, które swoją działalność rozpoczęło 10 listopada 1921 r., wykształciło w okresie Drugiej Rzeczypospolitej 253 kapłanów. Także latem roku 1939, pomimo nerwowej atmosfery zbliżającej się wojny, władze seminarium przeprowadziły egzaminy wstępne na pierwszy kurs i 13 czerwca 1939 r. przyjęły dziesięciu kandydatów na kapłanów. Rozpoczęcie roku akademickiego 1939/1940, zaplanowane na 8 września, według corocznej tradycji poprzedzane było kilkudniowymi rekolekcjami.
Po zakończeniu walk wrześniowych w seminarium wznowili naukę wszyscy klerycy wyższych kursów, jedynie kursy niższe były zdekompletowane. W roku akademickim 1939/1940 naukę w Wyższym Seminarium Duchownym w Łodzi kontynuować miało trzydziestu kleryków. Trudna sytuacja wojenna, jaka się wytworzyła po wkroczeniu do Łodzi wojsk niemieckich, wydawała się nie mieć przełożenia na jakość pracy dydaktycznej, która – zdawało się – będzie kontynuowana bez większych problemów. Jednakże ten pozorny spokój nie trwał zbyt długo.
Przejęcie gmachu seminarium
Starania bp. Włodzimierza Jasińskiego, by alumni mogli kontynuować naukę w seminarium, zostały przerwane w niedzielę 26 listopada 1939 r. Władze seminaryjne otrzymały wówczas rozkaz opuszczenia budynku w ciągu dziesięciu godzin. W wyniku interwencji ordynariusza łódzkiego termin ten przesunięto na 28 listopada. Przez dwa dni gmach był pilnowany przez bojówki SA i Hitlerjugend.
Starania bp. Włodzimierza Jasińskiego, by alumni mogli kontynuować naukę w seminarium, zostały przerwane w niedzielę 26 listopada 1939 r. Władze seminaryjne otrzymały rozkaz opuszczenia budynku w ciągu dziesięciu godzin. Budynek został przekazany łódzkiej Hitlerjugend, zaś w kaplicy seminaryjnej urządzono salę szkolenia ideologicznego.
Dzięki przedłużeniu czasu na opuszczenie seminarium klerykom udało się ewakuować do pałacyku bp. Jasińskiego oraz do kancelarii katedralnej wiele cennych zbiorów znajdujących się w bibliotece seminaryjnej. Większość szat liturgicznych przez całą wojnę przechowywana była w domu rodzinnym jednego z łódzkich kleryków, Tadeusza Wysockiego. Pomimo dużej ofiarności i narażenia życia alumnów podczas akcji ewakuacyjnej, zniszczeniu uległo ponad trzydzieści tysięcy bezcennych zbiorów bibliotecznych oraz całe mienie wykładowców i alumnów.
Budynek został przekazany łódzkiej Hitlerjugend, zaś w kaplicy seminaryjnej urządzono salę szkolenia ideologicznego. Podobny los spotkał łódzką katedrę, która została zamknięta, a w październiku 1941 r. splądrowana: zniszczeniu uległy witraże, zrabowano największy dzwon, „Zygmunt”; zniszczono też stojący przed katedrą pomnik ks. Ignacego Skorupki. Świątynię zamieniono na składnicę wojskową, zaś jej piwnice na miejsce hodowli grzybów.
Kontynuowanie nauki w Szczawinie
Na potrzeby dalszego kształcenia kleryków władze duchowne na początku grudnia 1939 r. ulokowały seminarium w Szczawinie k. Zgierza, na terenie majątku biskupiego. Kurs kontynuowało tu dziewiętnastu alumnów z czterech roczników. Nie są niestety znane losy siedmiu alumnów, którzy w listopadzie opuścili Łódź, ale nauki w Szczawinie nie kontynuowali.
Siedemnastu z dwudziestu alumnów ze Szczawina po zlikwidowaniu tamtejszego seminarium podjęło dalszą naukę w legalnie działających seminariach duchownych na terenie GG: pięciu u oo. pallotynów w Ołtarzewie, jeden w Kielcach, dwóch w Częstochowie, ośmiu w Sandomierzu oraz jeden w Krakowie. Jedenastu spośród nich przyjęło święcenia kapłańskie.
Budynek przeznaczony na seminarium nie był przystosowany do celów dydaktycznych. Od początku zmagano się z różnego rodzaju trudnościami. Brakowało odpowiedniej ilości łóżek i pościeli oraz węgla na ogrzewanie. Władze seminarium miały także problemy z przystosowaniem warunków lokalowych na potrzeby dydaktyczne z uwagi na fakt, iż tylko jeden duży hall był oświetlany. Postanowiono więc prowadzić wykłady łączone (kurs I i II oraz III, IV z V).
Działalność Wyższego Seminarium Duchownego w Szczawinie nie trwała jednak zbyt długo. Rankiem 28 lutego 1940 r. budynki zostały otoczone przez funkcjonariuszy gestapo, którzy dokonali spisu zarówno alumnów, jak i wykładowców. Poinformowali też wszystkich kleryków oraz władze o zamknięciu seminarium. Listy sporządzone wówczas przez gestapo zostały wykorzystane podczas aresztowań, jakie miały miejsce dwa miesiące później, w kwietniu 1940 r. Uwięziono wtedy dziewięciu alumnów, których zwolniono dopiero po kilku tygodniach. Pozostali uniknęli aresztowania dzięki temu, że przeczuwając zamiary niemieckich władz okupacyjnych podali gestapowcom fałszywe miejsca zamieszkania.
Losy łódzkich alumnów po lutym 1940 roku
Warunki, jakie panowały na terenie Kraju Warty, uniemożliwiały kontynuowanie nauki w seminarium. Łódzcy kandydaci do kapłaństwa podjęli próbę – nieudaną – utworzenia tajnych kompletów na terenie leżącego w Generalnym Gubernatorstwie Piotrkowa Trybunalskiego. Ostatecznie siedemnastu spośród dwudziestu alumnów ze Szczawina po zlikwidowaniu tamtejszego seminarium podjęło dalszą naukę w legalnie działających seminariach duchownych na terenie Generalnego Gubernatorstwa: pięciu u oo. pallotynów w Ołtarzewie, jeden w Kielcach, dwóch w Częstochowie, ośmiu w Sandomierzu oraz jeden w Krakowie.
Jedenastu spośród nich przyjęło święcenia kapłańskie.