W młodym wieku osiągnął wiele sukcesów. W Poznaniu założył wytwórnię nici chirurgicznych „Catgut”. Był współzałożycielem firmy „Serovac”, wytwarzającej surowicę i szczepionki. Jemu przypisuje się wynalezienie środka o nazwie „Clarovac”, umożliwiającego konserwowanie owoców i warzyw. W okresie II wojny światowej od 1939 roku charytatywnie zajmował się leczeniem. Wspólnie z grupą polskich lekarzy konspiracyjnie wykonywał szczepienia oraz niósł pomoc ludności cywilnej i członkom ZWZ–AK.
Pion, którym kierował dr Witaszek, organizował konspiracyjne laboratoria wytwarzające środki biologiczne i chemiczne mające służyć walce z niemieckimi okupantami.
„Odwet”
W okresie okupacji został przywódcą poznańskiego ZWZ−AK „Odwet”, powołanym do prowadzenia czynnej walki z Niemcami za pomocą aktów dywersyjno-sabotażowych. Zgodnie z wytycznymi dowódcy ZWZ płk. Stefana Roweckiego „Rakonia” z 19 marca 1940 roku wspomniany pion miał działać w obszarze transportu kolejowego, materiałów importowanych (ropa, benzyna, zboże), uzbrojenia, a także opracowywać na potrzeby sabotażu: trucizny, szczepy bakterii i środki chemiczne. Pion, którym kierował dr Witaszek, organizował konspiracyjne laboratoria wytwarzające środki biologiczne i chemiczne mające służyć walce z niemieckimi okupantami. Wyspecjalizowano się w hodowli kultur bakterii chorobotwórczych m.in. tyfusu i wąglika, a także śmiercionośnych środków trujących. Produkowano substancję powodujące korozję metali, powłok silników spalinowych czy bomby termitowe. Zdaniem Henryka Tycnera zespół dra Witaszka był bardzo dobrze zorganizowany. Jego członkami byli: naukowcy, lekarze, chemicy, aptekarze a także inżynierowie oraz kolejarze i kelnerzy.
Według relacji Haliny Witaszek (żony) jego zespół prowadził z Niemcami wojnę bakteriologiczną. Przedostawano się do niemieckich szpitali wojskowych w Poznaniu, gdzie, na poręczach schodów, celowo pozostawiano szkodliwe bakterie, co miało swoje konsekwencje zdrowotne dla przebywających w nim żołnierzy niemieckich, zwłaszcza ich dłuższą niezdolność do służby wojskowej. Potwierdzała również, że podobnie czyniono w hotelach. Tam dodatkowo szkodliwe bakterie oraz środki chemiczne dodawano do napojów. Wśród szkodliwych środków były m.in. bakterie tyfusu czy bakterie powodujące rozkład nerek.
Po śmierci dokonano jego dekapitacji, a głowę, w pojemniku z formaliną, umieszczono w Zakładzie Medycyny Sądowej.
Aresztowanie i śmierć
Działalność dra Witaszka wzbudziła podejrzenia organów bezpieczeństwa Rzeszy Niemieckiej. Te doprowadziły do jego aresztowania 25 kwietnia 1942 roku, a następnie osadzenia w Forcie VII w Poznaniu. Podczas przeszukania jego mieszkania znaleziono fiolki z bakteriami wąglika oraz duru. W trakcie śledztwa Witaszkowi i Henrykowi Güntherowi zaproponowano współpracę. W zamian oferowano uwolnienie oraz kontynuowanie badań na rzecz III Rzeszy.
W związku z odmową, wraz ze swoimi współpracownikami, został skazany na karę śmierci przez powieszenie. Przed wykonaniem kary poinformowano Witaszka oraz członków jego zespołu, że taki sam wyrok został wydany na członków ich rodzin. Dr Franciszek Witaszek został stracony 8 stycznia 1943 r. Po śmierci dokonano jego dekapitacji, a głowę, w pojemniku z formaliną, umieszczono w Zakładzie Medycyny Sądowej. Podobnie uczyniono z bliskimi współpracownikami Witaszka: Sonią Górzną i dr. Henrykiem Güntherem. Pracujący w nim laboranci Andrzej Szymański i Michał Woroch rozpoznali swojego mistrza i odpowiednio zabezpieczyli. Później aresztowano także żonę Halinę, matkę Zofię, dwóch braci: Czesława i Lecha. Po zakończeniu działań wojennych głowy członków zespołu dra Franciszka Witaszka zostały uroczyście pochowane 25 listopada 1945 r. na poznańskiej Cytadeli.
***
Opowieść o dr. Franciszku Witaszku stanowi główny temat inauguracji Centrum Edukacyjnego IPN „Przystanek Historia” w Poznaniu: