Ponary – podczas wojny ta mała, urokliwa miejscowość pod Wilnem (obecnie Paneriai, jedna z dzielnic miasta) ze względu na ustronne położenie, linię kolejową oraz ciągnącą tamtędy szosę Wilno-Grodno szybko znalazła się w zainteresowaniu okupantów. Najpierw Sowieci planowali tam budowę bazy paliw płynnych dla Armii Czerwonej. Rozpoczęte w 1941 r. prace budowlane doprowadziły do wykopania 7 olbrzymich dołów na zbiorniki paliwa. Kiedy Wileńszczyzna znalazła się pod okupacją niemiecką, nowe władze uznały to miejsce za teren odpowiedni do przeprowadzania na nim masowych egzekucji.
Szacuje się, że Polacy stanowili około 2% wszystkich ofiar rozstrzelanych w Ponarach. Warto pamiętać, iż większość z zamordowanych członków Związku Wolnych Polaków była niepełnoletnia w chwili śmierci
Wykopane doły nadawały się na masowe groby. Bliskość linii kolejowej i szosy pozwalały na sprawny transport osób przeznaczonych do zagłady. Pierwszych egzekucji na Ponarach dokonały na początku lipca 1941 r. niemieckie oddziały podległe Einsatzgruppen. Rozstrzelały one grupy Żydów i jeńców sowieckich. Następnie powołano specjalny oddział złożony z Litwinów i mający zajmować się egzekucjami pod nazwą Ypatingasis būrys. Oddział podlegał SD (Służba Bezpieczeństwa Reichsführera SS) i Sipo (Niemiecka Policja Bezpieczeństwa) i liczył kilkaset osób rekrutujących się w większości z „szaulisów” – przedwojennej paramilitarnej organizacji litewskiej. Z czasem formacja zaczęła być określana przez mieszkańców Wileńszczyzny pogardliwą nazwą „strzelców ponarskich”.
Symbol Holocaustu na Wileńszczyźnie
Natychmiast po zajęciu Wileńszczyzny Niemcy przystąpili do eksterminacji ludności żydowskiej. Latem 1941 r. wymordowano 30 tys. z 70 tys. wileńskich Żydów. Resztę we wrześniu 1941 r. umieszczono w dwóch gettach utworzonych w śródmieściu Wilna. Mniejsze zlikwidowano do końca 1941 r. mordując około 11 tys. osób. Większe – tzw. getto nr 1, istniało jeszcze dwa lata i liczyło około 20 tys. Żydów. Do ostatecznej likwidacji getta doszło we wrześniu 1943 r. Próbę oporu podjęli Żydzi skupieni w Zjednoczonej Organizacji Partyzanckiej (FPO). Był to jednak tylko symboliczny sprzeciw. Niemcy rozstrzelali większość mieszkańców getta w Ponarach, część wywieźli do obozów na Łotwie i Estonii.
Polskie ofiary
Szacuje się, że Polacy stanowili około 2% wszystkich ofiar rozstrzelanych w Ponarach. Były wśród nich osoby skazane na śmierć decyzją niemieckich sądów, zatrzymane podczas łapanek ulicznych oraz zakładnicy dobierani spośród polskich elit na podstawie tzw. list proskrypcyjnych przygotowanych przez litewską policję Saugumę. W Ponarach rozstrzelano uczniów wileńskich gimnazjów, harcerzy, przedstawicieli inteligencji, księży, profesorów Uniwersytetu Stefana Batorego, żołnierzy AK. Zamordowano światowej sławy naukowców: profesora Kazimierza Pelczara, pioniera polskiej onkologii i profesora Mieczysława Gutkowskiego, wybitnego znawcę skarbowości i prawa skarbowego. Do ofiar należeli także adwokat Mieczysław Engiel, doc. Wanda Rewińska, geograf i zasłużona działaczka harcerska oraz ks. Romuald Świrowski – przedstawiciel Episkopatu w Radzie Wojewódzkiej ZWZ-AK. W marcu 1942 r.
Już jesienią 1943 roku Niemcy zaczęli zacierać ślady po zbrodni. Zarządzono wydobycie zwłok z dołów śmierci
Niemcy natrafili w Wilnie na trop członków młodzieżowego Związku Wolnych Polaków. W wyniku prowadzonego śledztwa aresztowano 90 osób – chłopców i dziewcząt, a następnie po brutalnych przesłuchaniach w dniach 5, 12 i 13 maja 1942 r. rozstrzelano większość z nich w Ponarach. Kolejne egzekucje członków tej organizacji miały miejsce we wrześniu 1942 r. Wiosną 1942 r. ruszyły aresztowania w strukturach polskiego podziemia. W Ponarach rozstrzelano 20 osób związanych z komórką Legalizacji, a także m.in. kierującą grupą łączniczek przy Komendzie Okręgu Wilno AK Grażynę Tomkiewicz, kierownika komórki opieki społecznej przy Komendzie, Stanisława Węsławskiego, związanych z podziemnymi wydawnictwami i kolportażem Franciszka Turło, Zofię Dunin-Borkowską i Lucjana Krawca oraz żołnierzy AK: Jana Biedrzyckiego, Jana Wróblewskiego, Józefa Tobiasza i Jerzego Cebrowskiego. To tylko kilka wymienionych nazwisk, ofiar było o wiele więcej. Pochodziły nie tylko z Wilna, ale także z siatek konspiracyjnych z Jaszun, Trok i z terenów Okręgu Nowogródzkiego AK.
„Ludzka rzeźnia”
Początkowo duże grupy skazanych ustawiano nad istniejącymi dołami i rozstrzeliwano z ustawionej broni maszynowej. Nie gwarantowało to jednak śmierci wszystkich, bo zdarzało się, , że po jakimś czasie ranne osoby wydostawały się z dołów śmierci. „Ulepszono” więc sposób mordowania. Na miejsce kaźni przyprowadzano niewielkie, dziesięcioosobowe grupy skazańców. Musieli się rozebrać, a następnie pluton egzekucyjny rozstrzeliwał każdą z ofiar. Małe dzieci były trzymane przez matki na rękach. Ciała spadały do dołów. Poszczególne warstwy ciał posypywano następnie warstwą wapna, fosforu i ziemi.
Już jesienią 1943 roku Niemcy zaczęli zacierać ślady po zbrodni. Zarządzono wydobycie zwłok z dołów śmierci. Następnie specjalny oddział komando układał i palił wielowarstwowe stosy ludzkich szczątków. Między grudniem 1943 r. a 15 kwietnia 1944 r. wydobyto i spalono w ten sposób blisko 70 tys. ciał, następnie popiół mieszano z piaskiem, który wsypywano do przygotowanych w tym celu rowów. W rezultacie trudno dziś oszacować dokładną liczbę ofiar zgładzonych w ponarskich lasach. Ostatniej masowej egzekucji dokonano 3 i 4 lipca 1944 r. Zamordowano wówczas około 4 tys. osób.